W ramach programu wyznaczone zostają tzw. obszar specjalnej ochrony ptaków (Special Protection Areas - SPA) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk (Special Areas of Conservation - SAC), na których obowiązują ochronne regulacje prawne. Polska zobowiązała się do wyznaczenia na swoim terytorium sieci Natura 2000 w Traktacie Ateńskim z 16 kwietnia 2003 r., stanowiącym podstawę prawną przystąpienia Polski do Unii Europejskiej. Przepisy unijne stanowiące podstawę dla tworzenia sieci Natura 2000 zostały wprowadzone do polskiego prawa wraz z opublikowaniem ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o chronie przyrody.
Problematyka sieci Natura 2000 w kontekście rozwoju energii wiatrowej w Polsce polega głównie na ilości, wielkości jak i rozłożeniu przestrzennym obszarów chronionych. Na dzień dzisiejszy sieć Natura 2000 składa się z 944 obszarów. Największym pojedynczym obszarem wchodzącym w skład sieci Natura 2000 jest Dolina Skrwy Lewej w województwie Mazowieckim o powierzchni 193.229 ha. Poniższa grafika obrazuje rozkład teranów Natura 2000 w Polsce.
Aby zrozumieć faktyczny wpływ obszarów Natura 2000 na rozwój polskiej energii wiatrowej, została przez nas sporządzona analiza uwzględniająca dokładny podział na województwa przy uwzględnieniu terenów, gdzie obszary SAC i SPA się pokrywają (zielone obszary na mapce powyżej). Aby uniknąć błedów statystycznych w województwach Zachodniopomorskie oraz Pomorskie zostały odjęte tereny przybrzeżne objęte ochroną.
Wyniki analizy potwierdzają fakt, iż województwa charakteryzujące się największą wietrznością (lubuskie, zachodniopomorskie, warmińsko-mazurskie, podlaskie oraz podkarpackie) cechują się również najwyższym odsetkiem obszarów Natura 2000. W województwie podlaskim przeszło 50% terenu jest objęte ochroną w sieci Natura 2000.
Aby lepiej zrozumieć ograniczenia w województwie pomorskim, gdzie obszary Natura 2000 stanowi "zaledwie" 14%, został dodany kolejny faktor - zalesienie. Analizując zalesienie w poszczególnych województwach znowu mamy podobną korelację pomiędzy terenami charakteryzującymi się największą wietrznością a terenami najmocniej zalesionymi. W województwie lubuskim prawie 50% powierzchni stanowią lasy, w województwach zachodniopomorskim, jak i pomorskim wartości te wynoszą około 35%.
Porównując tereny w Polsce z terenami w Niemczech, gdzie energia wiatrowa jest najbardziej rozwinięta, musimy stwierdzić, że u naszych zachodnich sąsiadów warunki rozwoju są znacznie dogodniejsze. Bundeslandy o największej wietrzności cechuje zarazem najniższy stopień zalesiena w kraju (Schleswig-Holstein 10,3%; Niedersachsen 23,8%; Mecklenburg-Vorpommern 23,1%). Przy czym odsetek zalesienia w Niemczech wynosi 33% a w Polsce zaledwie 29%.
Analiza obszarów Natura 2000 oraz innych ograniczjących faktorów pokazuje, iż rozwój energii wiatrowej w Polsce jest w znacznym stopniu ograniczony poprzez niedogodną dla branży korelację terenów o bardzo dobrych warunkach wietrznych oraz terenów chronionych.